A FCA tem uma Política Ambiental e de Segurança voltada para a implantação de um Sistema de Gestão Ambiental. A empresa desenvolve estratégias preventivas com o objetivo de evitar qualquer risco ao meio ambiente e segue rigorosamente a legislação ambiental.

Gestão de resíduos
Nas oficinas e postos de abastecimento da FCA, o objetivo é separar os resíduos e, posteriormente, fazer o adequado acondicionamento e armazenamento. Em parceria com empresas especializadas, todo o resíduo deve ser destinado para um local próprio para reciclagem. Assim, a FCA busca de forma consciente agregar valor aos resíduos e gerar receitas alternativas.

Gestão de recursos hídricos
A FCA busca garantir o uso racional dos recursos hídricos nas suas áreas de atuação, além de promover o tratamento adequado de todos os efluentes líquidos, respeitando a legislação ambiental de cada região.

Gestão de riscos
A FCA é a única ferrovia no Brasil que possui bases instaladas ao longo de toda a extensão da linha com trens socorro para atendimento a emergências ambientais. Existem 22 bases (sendo 14 bases da FCA e oito da empresa contratada) e 11 unidades de trem socorro com equipamentos e materiais de suporte para a contenção e remoção de produtos após uma ocorrência ferroviária.

As 15 brigadas de atendimento a emergências da FCA são formadas por 225 profissionais capacitados em programas específicos para brigadistas. A empresa realiza simulações de ocorrência para treinamento e capacitação com o objetivo de manter a equipe capacitada para o atendimento à emergência.

Licenciamento
A FCA está em processo de elaboração de um completo diagnóstico ambiental de toda a malha ferroviária e áreas de apoio, como oficinas e postos de abastecimento, com o objetivo de obter um mapa ambiental da ferrovia com foco no licenciamento junto ao IBAMA.